Sama seperti sukan-sukan lain, sukan sepak manggis juga tidak terlepas dari resiko-resiko serta kelemahan-kelemahnnya tersendiri. Kaedah sukan ini sebagai sukan tradesional kadang-kadang menimbulkan berbagai masaalah kepada pemain mahupun penganjurnya.
Antara beberapa masaalah yang dapat dikesan ialah:
- Tidak ada garis panduan atau peraturan-peraturan khusus yang bertulis sebagai rujukan. Sukan ini dimainkan hanya berpandukan arahan-arahan daripada pihak penganjur. Jika berlaku sebarang pertelingkahan atau ketidak puasan maka keputusan selalunya diserahkan kepada pihak penganjur. Selalunya pemain akur kerana menghormati tuan rumah dan majlis yang diadakan. Bagaimanapun selalunya pemain masih tidak puas hati.
- Menujukkan kewujudan perbezaan antara yang kaya dengan yang miskin atau berketurunan bangsawan dan rakyat biasa. Jika kebetulan berlaku majlis diadakan serentak antara dua golongan yang berbeza taraf dan kemampuan, selalunya majlis yang dianjurkan oleh golongan berkemampuan atau berkedudukan menjadi lebih meriah kerana masyarakat faham bawawa kelebihan habuan ditempat majlis yang berkemampuan. Manakala majlis golongan rakyat biasa kebanyakannya dipenuhi oleh golongan kaum kerabat terdekat sahaja atau tidaklah seramai majlis dikawasan golongan berkemampuan.
- Tiada syarat serta peraturan lengkap tentang pakaian atau kasut kepada pemain. Pemain bebas memakai pakaian yang bagaimana sekalipun untuk memainkan acara ini. Begitu juga pemakaian kasut, walau tidak memakai kasut sekalipun tidak menimbulkan masaalah untuk menyertai permainan ini.
- Sukan sepak manggis hanya terbuka kepada lelaki. Sukan ini tidak melibatkan kaum wanita. Resionalnya kaum wanita sibuk membantu menyediakan makan dan minum tetamu. Keadaan ini menghadkan peluang kepada kaum wanita untuk memperlihatkan bakat mereka.
- Jika berlaku sebarang kemalangan atau kecatatan, tiada pampasan atau imbuhan yang dijanjikan kepada pemain. Pemain tidak berhak menuntut apa-apa ganti rugi ekoran daripada acara tersebut diadakan. Terpulang kepada pihak penganjur khasnya tuan rumah untuk memberi bantuan sekadar kemampuan.
- Tiada pengadil yang bertauliah dan diiktiraf. Keputusan lebih kepada arahan dan budibicara pihak penganjur. Tiada garis panduan rasmi juga yang digunakan sebagai rujukan. Kuasa mutlak kepada penganjur. Jika penganjur mengatakan sipolan yang menang makan sipolanlah yang menang
- Sukan sepak manggis merupakan sukan budaya kepada masyarakat bajau di Sabah. Kaum bajau mesti memainkan sukan ini pada majlis-majlis perkahwinan mereka. jika tidak, majlis tersebut dikira tidak sempurna. Bagi masyarakat kaum bajau, sukan ini telah memasuki tatacara dan budaya mereka.
Tidak dinafikan permainan sukan Sepak Manggis ini semamangnya satu sukan budaya yang diwarisi sejak lama oleh masyarakat kaum bakjau. Kelemahannya fakta-fakta yang diperolihi sukar untuk disahihkan kerana buat masa ini penulis belum menemui mana-mana sumber bertulis yang lebih menghususkan sukan budaya ini. Hanya melalui perbualan serta penerangan-penerangan dari kalangan tokoh-tokoh lama masyarakat ini dijadikan bahan bukti dan rujukan penulis. Bagaimanapun perkara ini masih boleh diperdebatkan lagi kerana pendapat dari beberapa orang-orang lama yang ditemubual ada menunjukkan perbezaan dan percanggahan. Contohnya dalam menyelami asal sebenar sukan Sepak manggis ini. Ada tokoh yang mengatakan ia berasal daripada permainan anak-anak muda kaum suluk yang dibawa berhijrah daripada Filipina. Ada juga tokoh yang mengatakan sukan ini dibawa dari semanjung oleh masyarakat kaun melayu diawal-awal kurun kemerdekaan tanah melayu dulu. Jika diselusuri pada sejarah, masyarakat bajau juga dikesan pernah menetap di Johor. Jika keadaan ini puncanya, tidak hairanlah mengapa sukan Sepak Manggis ini boleh popular dikalangan masyarakat bajau.
Akhir sekali, bagaimanapun keadaan atau pendapat yang diberikan tentang Sukan Sepak Manggis ini bukanlah menjadi satu persoalan yang boleh mengaggu gugat kedudukan sukan ini dalam masyarakat kaum Bajau. Jelasnya dewasa ini sukan Sepak Manggis telah menempah satu status kedudukan yang kukuh malahan kini ia merupakan satu simbul keunikan dalam kepelbagaian sukan budaya di Negara ini khasnya Negeri Sabah ini. Tidak dinafikan juga sukan Sepak Manggis ini dengan sendirinya menjadi simbul tarikan utama seiring dengan sukan-sukan lain khasnya dalam daerah Kota Belud serta daerah-daerah berhampiran seperti Tuaran dan Kota Marudu.
